Una vez que has cargado el archivo el gps lo lee recibiendo la información, luego si se borra no va a afectar mucho al gps aunque no debería suceder lo que dices. Si al conectar el gps desaparecen archivos tu unidad está mal, tiene el sistema de archivos corruptos.

Yo primero pasaría el analizador de discos de windows a ver si soluciona el problema.
Si no se soluciona le daría formato en modo lento.

El bootloader no lo tocaría.