No es recomendable formatear a no ser que tengas algún sector defectuoso en la memoria, es mejor borrar. El fichero system lo que hace es modificar el bootloader (gestor de arranque) en la memoria RAM del dispositivo (siempre que sea una versión superior a la actual, si es inferior no hace nada). La memoria RAM y la memoria interna son dos cosas diferentes. A la RAM no puedes acceder directamente para modificarla, cosa que si puedes hacer con la memoria interna. Por tanto aunque borres o formatees la memoria interna, no modificarás nada de la RAM.

¿Qué pasa si en mi TT tal y como está, borro el system y lo arranco?
Pues que seguirás con el mismo bootloader que tenias antes.