Puede ocurrir dos cosas.
1º
Que en la memoria externa tengas un navcore parcheado y el mapa activado y arranca de ella y segun cuentas todo correcto.

2º
Al quitar la memoria externa el navcore que tengas no este parcheado y por eso no veas el mapa.

No entiendo porque lo tienes duplicado.

Si usas la memoria externa que seria lo logico. ya que puedes tener mas capacidad y en la memoria interna tener un mapa anterior por si acaso te falla la sd en la calle poder arrancar el tomtom.